ژانویه 24, 2021

مطالعه تنوع ژنتیکی ۲۹ ژنوتیپ مختلف برنج بر اساس صفات گیاهچه ای و …

1 min read
۵

۳

۲۵/۱

۲۰۲/۰

۱۱۷-۱۰۰

RM5140

۵

۳

۵۵/۱

۳۵۷/۰

۱۹۰-۱۷۸

RM3827

۶

۳

۵۲/۱

۳۴۴/۰

۱۵۰-۱۳۰

RM340

۶

۲

۸۲/۱

۳۲۸/۰

۱۵۰-۱۳۸

جدول ۴-۱۳- تعداد آللهای مشاهده شده (na) و موثر (ne)، PIC و دامنه اندازه آللهای نشانگرهای ریزماهواره در ژنوتیپهای برنج
کمترین ارزش PIC برای آغازگرهای RM445، RM466، RM3345، RM7424 و بیشترین مقدار PIC برای آغازگرهای RM7426، RM1337، RM478 و RM5430 مشاهده شد. نتایج مشابهی در مورد PIC در برنج و گندم گزارش شده است (لو و همکاران، ۲۰۰۵؛ رودر و همکاران، ۲۰۰۲). سیطارم و همکاران (۲۰۰۹) با استفاده از ۳۰ جفت آغازگر ریزماهواره تنوع ژنتیکی ۳۰ ژنوتیپ برنج را به همراه خصوصیات مورفولوژیکی آنها بررسی نمودند و گزارش نمودند که از ۳۰ جفت آغازگر فقط ۲۸ جفت آغازگر پلیمرفیسم را نشان دادند و ارزش PIC را از ۰۶/۰ تا ۷۲/۰ با میانگین ۴۶/۰ متغیر گزارش نمودند.
ژیائو و همکاران (۱۹۹۶) با ۲۲ نشانگر ریزماهواره در هیبریدهای برنج، تعداد ۹۰ آلل با میانگین ۹۱/۳ بین ۱۰ والد مورد بررسی گزارش نمودند. زنگ و همکاران (۲۰۰۴) با استفاده از ۲۵ جفت آغازگر ریزماهواره برای ۳۳ ژنوتیپ برنج تعداد ۱۲۳ آلل را گزارش نمودند. همچنین آنها ارزش PIC را برای جایگاههای ریزماهواره از ۰۶/۰ تا۸۵/۰ با میانگین ۵۷/۰ گزارش نمودند. بونفانوسی و همکاران (۲۰۰۸) تنوع ژنتیکی ۷۴ ژنوتیپ را با استفاده از ۲۴ مارکر ریزماهواره بررسی نمودند و تعداد کل ۷۵ آلل را در ۲۴ نشانگر ریزماهواره تعیین نمودند، تعداد آللهای هر جایگاه از ۲ تا ۷ آلل با میانگین ۱/۳ متغیر بود. ارزش PIC نیز از ۱۸/۰ تا ۷۹/۰ متفاوت بود. یانگ و همکاران (۱۹۹۴) با ۱۰ نشانگر ریزماهواره متوسط ۱۴-۹ آلل در پنج جایگاه و بیشترین آلل در یک جایگاه را بدست آوردند. آنها نشان دادند که تعداد آللها در جایگاههای ریزماهوارهای خیلی بیشتر از نشانگرهای دیگر میباشد. همچنین گزارش نمودند که ارقام ایندیکا دارای فراوانی آللی ۴ درصد بیشتر از ارقام ژاپونیکا میباشند. یکی از معیارهای مهم در انتخاب آغازگر تعداد آللهای موثر آن آغازگر است. چندشکلی زیاد در ریزماهوارهها نشان دهنده تنوع زیاد آنها میباشد و این نشان دهنده میزان وقوع جهش بالایی است که در توالیهای ریزماهوارهها اتفاق میافتد. دلیل دیگر به تعداد محدود مکانهای چندشکل و وجود تغییر در نواحی رمز کننده بستگی دارد (زو و همکاران، ۲۰۰۳).

۴-۲-۲-هتروزیگوسیتی[۷۴]

محاسبه فراوانی آللی در هر جایگاه و همچنین میزان هتروزیگوسیتی نشان داد که میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده در ژنوتیپهای مختلف در حدود ۰۱۷/۰ میباشد. مقدار پایین هتروزیگوسیتی بیانگر این است که اکثر ژنوتیپهای مورد بررسی لاین خالص بوده و فقط تعداد اندکی از آنها رقم بوده است. داویروالا و همکاران (۲۰۰۰) با مطالعه روی ۴۲ واریته برنج هندی با سه گروه نشانگر مختلف RAPD،ISSR و STS میانگین هتروزیگوسیتی را برای این سه گروه نشانگر به ترتیب ۴۲۹/۰، ۶۷۵/۰ و ۸۸۲/۰ بدست آوردند. البته در کل باید در نظر داشت که ماهیت ذاتی نشانگرهای DNA مانند ریزماهوارهها و RAPD متفاوت هستند و نتایج حاصل از آنها نیز میتواند متفاوت باشد زیرا ریزماهوارهها، آغازگرهای اختصاصی برای هر موجود زنده بوده که در نواحی خاصی از ژنوم پراکنده هستند در حالیکه نشانگرهای RAPD توالیهای الیگونوکلئوتیدی تصادفی هستند که در تمام سطوح ژنوم یافت میشوند (داویروالا و همکاران، ۲۰۰۰).

۴-۲-۳- تجزیه خوشهای بر اساس دادههای مولکولی

گروهبندی ژنوتیپها با نرمافزارNTSYS pc 2.02 برای دادههای مولکولی بر اساس روش UPGMA و ضریب تشابه جاکارد انجام شد. تعداد زیرگروهها در همه روشهای انجام شده بیشتر از زیرگروههای مربوط به صفات کمی بوده است. گروهبندی افراد در شکل ۴-۶ نشان داده شده است.
شکل (۴-۶) تجزیه خوشهای بر اساس روش UPGMA با ضریب تشابه جاکارد برای ژنوتیپهای مورد مطالعه برنج
بیشترین ضریب همبستگی کوفنتیک از بین دو الگوریتم UPGMA و دورترین همسایگی Complet Linkage)) مربوط به الگوریتم UPGMA بود (جدول ۴-۱۴). با در نظر گرفتن گروهبندیهای حاصل و اطلاعات حاصل از ژنوتیپها، نهایتا روش UPGMA بر اساس ضریب جاکارد انتخاب گردید. به این ترتیب، از روش گروهبندی بر مبنای وجود و عدم وجود آللها استفاده گردید. با توجه به ضریب همبستگی کوفنتیک بدست آمده بر اساس ضریب جاکارد، نی و لی و تطابق ساده در هر سه حالت بالا بود و دندروگرام حاصل از این روشها منجر به نتایج کاملا یکسانی گردید (جدول ۴-۱۴).
جدول (۴-۱۴) ضریب همبستگی کوفنتیک برای دو روش UPGMA و Complet Linkage

برای دانلود فایل متن کامل پایان نامه به سایت 40y.ir مراجعه نمایید.
Copyright © All rights reserved. | Newsphere by AF themes.