ژانویه 21, 2021

تحقيق دانشگاهی – مطالعه تنوع ژنتیکی ۲۹ ژنوتیپ مختلف برنج بر اساس صفات گیاهچه ای و آزمایشات مولکولی، آزمایشی …

1 min read
نی و لی(NL)

تطابق ساده(SM)

جاکارد(J)

۹۴۳۰۲/۰

۹۴۱۱۸/۰

۹۴۳۵۰/۰

UPGMA

۹۲۳۹۴/۰

۹۲۰۹۴/۰

۹۱۴۸۲/۰

Complet Linkage

از بین معیارهای مختلف ضرایب شباهت جاکارد، نی و لی یا دایس و تطابق ساده متداولترین ضرایب مورد استفاده برای دادههای صفر و یک هستند (محمدی، ۱۳۸۱). بر حسب خصوصیات آماری و ژنتیکی ضرایب، هر کدام برای شرایط خاصی مناسبتر میباشند. بنابراین اگر افراد مورد بررسی خالص باشند، برآورد شباهت ژنتیکی آنها با استفاده از این ضرایب یکسان خواهد بود (ملچینگر، ۱۹۹۳). با توجه به اینکه اکثر ژنوتیپهای مورد استفاده در این مطالعه لاین خالص میباشند پس از برآورد هر دو ضریب جاکارد و نی و لی در ارتباط با تجزیه خوشهای نتایج مشابهی به دست آمد. خط برش در شکل (۴-۶) ژنوتیپها را در دو گروه عمده (گروه A و B) قرار میدهد. در این روش نیز به منظور اطمینان از نقطه برش، از آمارههای F کاذب، T2 کاذب و CCC برای یافتن تعداد گروهها در محیط SAS استفاده شد. گروه اول (A) شامل ژنوتیپهای متحمل و نسبتا متحمل میشود که بیانگر قرابت ژنتیکی زیاد بین آنها میباشد. به عبارتی با قرار گرفتن این ژنوتیپها در یک گروه میتوان نتیجه گرفت که این ژنوتیپها با وجود تفاوتهای ظاهری، دارای توالیهای تکراری مشابه هستند. در گروه دوم (B)، ۶ ژنوتیپ قرار دارد که شامل ژنوتیپهای حساس (خزر، سپیدرود، IR50، IR28، IR74095-AC40 و IR65195-3B-19-1-1) میباشد. ژنوتیپهای گروه B نسبت به ژنوتیپهای گروه A بیشترین میزان نسبت سدیم به پتاسیم را داشتند. در گروه A ارقام متحمل غریب و شاهپسند در یک زیرگروه کوچکتر قرار گرفتند که این ارقام زیستتوده بالا و نسبت سدیم به پتاسیم پایینی داشتند. اسلام و همکاران (۲۰۰۸) پس از بررسی ۲۱ ژنوتیپ برنج با ۱۰۰ جفت نشانگر ریزماهواره، ژنوتیپها را بر اساس تحمل به شوری غربال نموده و تجزیه خوشهای آنها نشان داد که همه ژنوتیپها در دو گروه متحمل و نسبتا متحمل قرار گرفتند. هدف آنها بالا بردن سطح تحمل به تنش در ژنوتیپهای برنج بود. داویروالا و همکاران (۲۰۰۰) با انجام تجزیه خوشهای، همبستگی بسیار ضعیفی بین ارقام برنج به دست آوردند که این همبستگی پایین میتواند به دلیل فشار انتخاب، پسروی ژنتیکی، مکانهای مورد آزمون و رابطه نامعلوم بین اجداد غیرخویشاوند برنج باشد. ژیائو و همکاران (۱۹۹۶) با استفاده از تجزیه خوشهای، بر اساس فاصله ژنتیکی نی، نشان دادند که زیرگونههای ۱۰ لاین والدی به کار گرفته شده، مشابه ارقام ایندیکا و ژاپونیکا بودند.
نتایج این مطالعه و سایر محققین نشان داد که نشانگرهای DNA نیز میتوانند در بررسیهای تکاملی و سازگاری ارقام مختلف استفاده شوند. به نحوی که نتایج این مطالعه نشان داد تجزیه خوشهای توانست ارقام متحمل و حساس را از هم متمایز سازد. گیاروکو و همکاران (۲۰۰۷) نیز با بررسی تنوع ژنتیکی ۶۹ رقم برنج با ۲۶ جفت نشانگر ریزماهواره نشان دادند که تجزیه خوشهای ارقام را در دو گروه ایندیکا و ژاپونیکا قرار داد.

۴-۲-۴- تجزیه به مؤلفههای اصلی[۷۵]

تجزیه به مؤلفههای اصلی بر اساس ماتریس تشابه به دست آمده از ضریب جاکارد با استفاده از نرمافزارNTSYS pc 2.02 انجام گردید. بر خلاف صفات کمی که در بیشتر موارد و مخصوصا هنگامی که صفات دارای همبستگی بالا باشند، دو تا سه مؤلفه اول بیش از ۹۰ درصد تغییرات را توجیه میکنند. در دادههای نشانگرهای مولکولی امکان توجیه مقادیر بیشتر واریانس متغیرهای اولیه توسط چند مؤلفه اصلی اول وجود ندارد. در بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از دادههای مولکولی بهترین حالت این است که نشانگرها توزیع یکنواخت و مناسب در ژنوم داشته باشند تا بتوانند کل ژنوم را نمونهبرداری کنند. بنابراین در صورتی که نشانگرها از بخشهای مختلف ژنوم انتخاب شده باشند همبستگی بین آنها کم خواهد بود و در نتیجه تعداد بیشتری مؤلفه برای توجیه تغییرات کل آنها لازم است. به عبارت دیگر عدم همبستگی بین آغازگرها باعث میشود در تجزیه به مؤلفههای اصلی تعداد زیادی مؤلفه، مقدار کمی از تغییرات را توجیه کنند. در این تحقیق با توجه به این که حداقل ۳ نشانگر به ازای هر کروموزوم در نظر گرفته شده بود. ۱۲ مؤلفه توانستند ۴۰/۸۴ درصد از تغییرات را توجیه نمایند. با توجه به جدول (۴-۱۵) اولین مؤلفه ۸۱/۱۹ درصد از تغییرات را توجیه میکند و مؤلفه دوم ۸۲/۱۱ درصد از تغییراتی که مؤلفه اول توجیه نمیکرد را توجیه نمود. به همین ترتیب روند توجیه تغییرات توسط مؤلفهها ادامه دارد و در نهایت مؤلفه دوازده، ۲ درصد از تغییراتی را که توسط ۱۱ مؤلفه قبل توجیه نشده را توجیه کرد. همچنین نتایج نشان داد که ۱۲ مؤلفه اول قادر به توجیه ۴۰/۸۴ درصد از تغییرات واریانس کل هستند (جدول ۴-۱۵). وارد شدن تعداد مؤلفههای زیاد در تجزیه به مؤلفههای اصلی نشاندهنده این نکته است که جایگاههای زیادی در بررسی تنوع دخیل بودهاند. بنابراین جایگاههای ریزماهواره مورد استفاده دارای چندشکلی بالایی بوده و انتخاب این جایگاهها به خوبی صورت گرفته است. از طرفی تعدادی از نشانگرهای مورد بررسی (از جمله RM416،RM478 ، RM5430، RM5473، RM7426، RM184، RM1337) توانستند تنوع موجود در ژنوتیپهای برنج را به میزان بالایی نشان دهند. از طرفی با توجه به این نشانگرها آللهایی در ژنوتیپهای متحمل و نسبتا متحمل دیده شد که در ژنوتیپهای حساس موجود نبود. بنابراین از این نشانگرها میتوان در مطالعات بعدی مربوط به بررسی تنوع استفاده نمود.
جدول (۴-۱۵) مقادیر محاسبه شده برای ۱۲ مؤلفه اولیه

میزان کل درصد واریانس مقادیر ویژه مؤلفه اصلی
۸۱/۱۹ ۸۱/۱۹ ۶۰/۹ ۱
۶۳/۳۱ ۸۲/۱۱
برای دانلود متن کامل پایان نامه به سایت zusa.ir مراجعه نمایید.
Copyright © All rights reserved. | Newsphere by AF themes.